Après des études au Conservatoire national de région de Bordeaux, Etienne Pfender vient se perfectionner à Paris auprès de Gabriel Bouillon et de Patrice Fontanarosa à l'Ecole normale de musique de Paris.
Il suit les master-classes de Nathan Milstein à Zurich puis les conseils de Michèle Auclair et de Maurice Crut.
Il a reçu de nombreux prix, parmi lesquels le Prix du ministre de la Culture, le Second prix du Concours international Michelangelo Abbado, le Cinquième prix du Concours international Rodolfo Lipizer.
Parallèlement à ses activités avec l'Orchestre de Paris, où il entre en 1982, il se produit fréquemment en soliste ou en formation de chambre.