Pascal Moraguès est entré à l'Orchestre de Paris en 1981, comme Première Clarinette solo. Il était le benjamin de l'orchestre. C'est à l'époque également qu’avec ses deux frères, Pierre (cor) et Michel (flûte), il créa le quintette Moraguès, complété par David Walter (hautbois) et Patrick Vilaire (basson), que Sviatoslav Richter choisit pour enregistrer le Quintette pour piano et vents de Beethoven. Sa carrière de soliste a associé plusieurs fois Pascal Moraguès à l'Orchestre de Paris, notamment pour le Concerto pour clarinette de Mozart. Il a joué sous la direction de Daniel Barenboim, Pierre Boulez, Semyon Bychkov, Carlo Maria Giulini, Zubin Metha, Emmanuel Krivine, Frans Brüggen... Il se produit en musique de chambre aux côtés de Christian Zacharias, Elena Bashkirova, Oleg Maisenberg, Joseph Kalichstein, Schlomo Mintz, Joshua Bell...
Pascal Moraguès enseigne au Conservatoire national supérieur de musique et de danse de Paris depuis 1995 et à Osaka au Japon depuis 2004. Il donne, en outre, de nombreuses master-classes.